गौरीकुंड के साथ एक दूसरी महत्वपूर्ण किंवदंती भी जुड़ी है जिसका गणेश और उनके हाथी सिर के साथ संबंध है। स्कंद पुराण में इसका पुन: वर्णन किया गया है, यह माना जाता है कि जब एक बार पार्वती यहां स्थित कुंड में स्नान कर रही थीं, तब उन्होंने गणेश को पहरेदारी करने के लिए कहा था
और उसके स्नान करते समय किसी को भी भीतर आने की अनुमति नहीं देने की आज्ञा दी थी। कुछ ही देर बाद भगवान शिव का आगमन हुआ लेकिन अपने शब्दों के पक्के गणेश ने अपने पिता को भी 'निषिद्ध' क्षेत्र में प्रवेश नहीं करने दिया।
गुस्सैल जिसके लिए वे प्रसिद्ध हैं, शिव तुरंत अपना आपा खो बैठे और गणेश का सिर काट दिया। शिव और पार्वती के बीच घोर कलह हुआ जिसका समाधान केवल इस वचन के साथ हुआ कि गणेश को जीवित किया जाएगा।